Načítají se data…Fylogenetický vývoj SARS-CoV-2 v Evropě včetně českých sekvencí — interaktivní strom variant a geografické šíření.
Tento dashboard otevírá Nextstrain — standard pro real-time fylogenomickou surveillance patogenů, vyvinutý Bedford Lab (Fred Hutch / WHO).
Co Nextstrain zobrazuje
- Fylogenetický strom — evoluční vztahy mezi sekvencemi SARS-CoV-2
- Geografické šíření — animace jak se varianty šíří napříč zeměmi
- Časová osa — kdy které varianty vznikly a dominovaly
- České sekvence — ČR přispívá sekvencemi přes GISAID
Dostupné Nextstrain buildy
| Build | Popis |
|---|---|
| ncov/gisaid/europe | Evropa — GISAID sekvence (obsahuje CZ) |
| ncov/open/global | Globální open-data build |
| ncov/open/europe | Evropa — open data |
Lokální Nextstrain build (pro vlastní sekvence)
Pro build z vlastních/lokálních sekvencí je k dispozici Nextstrain/Augur Docker kontejner v docker-compose.yml (profil nextstrain):
docker compose --profile nextstrain run augur --help
Potřebné vstupní soubory:
nextstrain/data/sequences.fasta— FASTA sekvence z GISAID/ENAnextstrain/data/metadata.tsv— metadata (datum, zdroj, lokalita)
Nextstrain: open source · Bedford Lab · MIT licence