{"generated_at":"2026-10-02T15:47:27Z","language":"cs","note":"Portál nesbírá žádná primární data, přebírá otevřená data veřejných institucí. Před vyvozováním závěrů si přečtěte `limits` — říká, co z dat vyčíst nejde.","portal":{"catalogue":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/about/data/","name":"Pathogen Portal CZ","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/"},"sources":[{"coverage":"2018–2025","download_url":"https://datanzis.uzis.gov.cz/data/NR-27-ISIN/NR-27-01/Otevrena-data-NR-27-01-infekcni-nemoci.csv","format":"CSV + CSVW metadata","granularity":"měsíc × kraj × diagnóza MKN-10 × věk × pohlaví","id":"uzis-isin","landing_page":"https://www.nzip.cz/data/2621-infekcni-nemoci-otevrena-data","licence":{"name":"volný přístup (otevřená data ÚZIS)","url":"https://data.gov.cz/podmínky-užití/volný-přístup/"},"limits":"Neobsahuje COVID-19, tuberkulózu, syfilis, kapavku ani HIV — mají vlastní registry. Od července 2025 přichází část případů novým kanálem hlášení (EWS), řady proto nejsou přes tento zlom přímo srovnatelné.","name":"Infekční nemoci v ČR (ISIN)","publisher":"ÚZIS ČR","update_frequency":"ročně (soubor z ledna 2026 končí prosincem 2025)","used_on":[{"title":"Infekční nemoci — přehled","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases/"},{"title":"Signály — detekce anomálií","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/signals/"},{"title":"Infekční nemoci — Časté dětské/vzdušné","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-childhood/"},{"title":"Infekční nemoci — Střevní/potravinové","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-gastro/"},{"title":"Infekční nemoci — Hepatitidy","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-hepatitis/"},{"title":"Infekční nemoci — Vzácné závažné","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-rare/"},{"title":"Infekční nemoci — Kožní/kontaktní","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-skin/"},{"title":"Infekční nemoci — Klíšťaty/zvířaty přenášené","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-vector/"},{"title":"Infekční nemoci — Ostatní","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-other/"}]},{"coverage":"1994–2025","download_url":"https://datanzis.uzis.gov.cz/data/NR-29-RPN/NR-29-01/Otevrena-data-NR-29-01-pohlavni-nemoci.csv","format":"CSV + CSVW metadata","granularity":"rok × okres bydliště × diagnóza × věk × pohlaví","id":"uzis-rpn","landing_page":"https://www.nzip.cz/data/2639-pohlavni-nemoci-otevrena-data","licence":{"name":"volný přístup (otevřená data ÚZIS)","url":"https://data.gov.cz/podmínky-užití/volný-přístup/"},"limits":"Jen syfilis, kapavka a venerický lymfogranulom. Hlášené případy rostou i s intenzitou testování; HIV v otevřených datech není.","name":"Registr pohlavních nemocí","publisher":"ÚZIS ČR","update_frequency":"ročně","used_on":[{"title":"Infekční nemoci — Pohlavně přenosné","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-sti/"}]},{"coverage":"2000–2024","download_url":"https://datanzis.uzis.gov.cz/data/NR-30-RTBC/NR-30-01/Otevrena-data-NR-30-01-tuberkuloza-epidemiologie.csv","format":"CSV + CSVW metadata","granularity":"rok a čtvrtletí × kraj × věk × rodná země","id":"uzis-rtbc","landing_page":"https://www.nzip.cz/data/2671-tuberkuloza-epidemiologie-otevrena-data","licence":{"name":"volný přístup (otevřená data ÚZIS)","url":"https://data.gov.cz/podmínky-užití/volný-přístup/"},"limits":"Kolem 430 případů ročně na celou republiku — rozdíly mezi kraji a roky jsou z velké části náhoda. Rodná země není občanství ani místo nákazy.","name":"Registr tuberkulózy","publisher":"ÚZIS ČR","update_frequency":"ročně, s ročním zpožděním","used_on":[{"title":"Infekční nemoci — Tuberkulóza","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases-tbc/"}]},{"coverage":"od března 2020","format":"CSV, API","granularity":"den; podle sady věk, kraj, stav očkování","id":"mzcr-covid","landing_page":"https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v2/covid-19","licence":{"name":"otevřená data MZČR","url":"https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/api/v2/covid-19"},"limits":"Testovací strategie se v čase měnila, takže počty případů z různých období nejsou srovnatelné. Část sad je archivní. Od poloviny srpna 2026 se hlásí jen desítky PCR testů týdně; většina pozitivních případů pochází z antigenních testů.","name":"COVID-19 v ČR — otevřené datové sady","publisher":"MZČR / ÚZIS ČR","update_frequency":"denně","used_on":[{"title":"COVID-19 Surveillance","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/covid19-surveillance/"},{"title":"COVID-19 — Věk a vakcinace","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/covid-demographics/"}]},{"coverage":"sezóny 2012/13–dosud; týdně od 2024/25","format":"PDF (týdenní zprávy, sezónní archivy)","granularity":"týden × virus; týden × kraj","id":"szu-respiratory","landing_page":"https://szu.gov.cz/publikace-szu/data/akutni-respiracni-infekce-chripka/","licence":{"name":"neuvedena — zveřejněné zprávy SZÚ, uvádíme zdroj"},"limits":"Data čteme z PDF, strojově čitelný export neexistuje. Počty záchytů rostou s objemem testování — mezi sezónami nejsou přímo srovnatelné. Sezóny 2022/23–2023/24 už zdroj online nemá, vezeme je v repozitáři.","name":"Virologická surveillance chřipky a respiračních virů","publisher":"SZÚ — Národní referenční laboratoř pro chřipku","update_frequency":"týdně, celoročně","used_on":[{"title":"Chřipka a respirační viry","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-surveillance/"},{"title":"Chřipka — regionální surveillance","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-regional/"}]},{"coverage":"ILI/ARI od 2009/10; laboratorní záchyty od 1997","format":"CSV (xMart API)","granularity":"týden; u ILI/ARI i věková skupina","id":"who-fluid-flunet","landing_page":"https://www.who.int/tools/flunet","licence":{"name":"neuvedena u datové sady — podmínky WHO, uvádíme zdroj"},"limits":"ILI a ARI jsou klinické diagnózy od části ordinací, ne laboratorně potvrzená chřipka. Pokrytá populace se mění (v sezóně 2025/26 skokově). Přes léto se nehlásí. Počet laboratorně vyšetřených vzorků je srovnatelný až od sezóny 2021/22.","name":"WHO FluID a FluNet — hlášení ČR","publisher":"WHO","update_frequency":"týdně; mimo sezónu se zpožděním","used_on":[{"title":"Chřipka — intenzita sezóny","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-intensity/"},{"title":"Chřipka a respirační viry","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-surveillance/"}]},{"coverage":"ČR od týdne 25/2022","download_url":"https://github.com/EU-ECDC/Respiratory_viruses_weekly_data","format":"CSV (GitHub)","granularity":"týden × ukazatel × věková skupina","id":"ecdc-erviss","landing_page":"https://erviss.org/","licence":{"name":"neuvedena v repozitáři — podmínky ECDC, uvádíme zdroj"},"limits":"Tatáž česká hlášení jako WHO FluID, jen čerstvější. Mezinárodní srovnání ztěžují rozdílné definice a zpoždění hlášení. Počet vzorků vyšetřených na SARS-CoV-2 od týdne 34/2026 znamená něco jiného a na dřívější řadu nenavazuje.","name":"ERVISS — evropská respirační surveillance","publisher":"ECDC / WHO Europe","update_frequency":"týdně","used_on":[{"title":"Chřipka — intenzita sezóny","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-intensity/"},{"title":"Chřipka a respirační viry","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-surveillance/"},{"title":"COVID-19 Surveillance","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/covid19-surveillance/"}]},{"coverage":"od října 2024","download_url":"https://github.com/european-modelling-hubs/RespiCast-SyndromicIndicators","format":"CSV (GitHub)","granularity":"týdenní kolo × cílový týden × 23 kvantilů","id":"ecdc-respicast","landing_page":"https://respicast.ecdc.europa.eu/","licence":{"name":"neuvedena — před veřejným použitím ověřit u provozovatele hubu"},"limits":"Předpověď, ne měření. Pro ČR je o ~15 % lepší než nejjednodušší referenční model, ale intervaly má užší, než slibuje (95% pás zachytil 85 % případů), a nástup vlny nevidí.","name":"RespiCast — předpovědi ILI a ARI","publisher":"ECDC, ISI Foundation, LSHTM","update_frequency":"týdně","used_on":[{"title":"Chřipka — intenzita sezóny","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/influenza-intensity/"}]},{"coverage":"2000–2025","format":"CSV (DataStat API, sada PORKR01)","granularity":"rok × kraj × pohlaví","id":"csu-population","landing_page":"https://data.csu.gov.cz/","licence":{"name":"otevřená data ČSÚ","url":"https://csu.gov.cz/otevrena-data"},"limits":"Stav k 31. 12., ne střední stav; rozdíl je v desetinách procenta. Věková struktura zatím chybí, incidence proto nejsou věkově standardizované.","name":"Počet obyvatel podle krajů","publisher":"ČSÚ","update_frequency":"ročně","used_on":[{"title":"Infekční nemoci — přehled","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/infectious-diseases/"}]},{"coverage":"2020 – říjen 2022","format":"CSV","granularity":"den","id":"ecdc-covid","landing_page":"https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/data","licence":{"name":"ECDC — volné použití s uvedením zdroje"},"limits":"Uzavřená řada, držíme ji jen kvůli historii.","name":"ECDC — COVID-19, historická řada pro ČR","publisher":"ECDC","update_frequency":"zdroj přestal publikovat","used_on":[{"title":"COVID-19 Surveillance","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/covid19-surveillance/"}]},{"coverage":"—","format":"odkaz","granularity":"—","id":"external","landing_page":"https://nextstrain.org/","licence":{"name":"podle provozovatele — data nepřebíráme, jen odkazujeme"},"limits":"Běží na cizím serveru a portál nad nimi nemá kontrolu. Fylogenetické stromy nejsou specifické pro ČR. Odpadní vody SZÚ nemají strojově čitelný export.","name":"Externí dashboardy (Nextstrain, odpadní vody SZÚ)","publisher":"Nextstrain · SZÚ","update_frequency":"podle provozovatele","used_on":[{"title":"Fylogeneze SARS-CoV-2 (Nextstrain)","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/nextstrain-sarscov2/"},{"title":"Fylogeneze chřipky (Nextstrain)","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/nextstrain-influenza/"},{"title":"Monitoring odpadních vod","url":"https://pathogens-dev.vm.cesnet.cz/dashboards/wastewater-monitoring/"}]}]}