Přeskočit na hlavní obsah

Data a citace

Data a citace

Portál sám žádná primární data nesbírá. Přebírá otevřená data veřejných institucí, zpracovává je a vykresluje — a u každého grafu říká, odkud čísla jsou. Tahle stránka to shrnuje na jednom místě: co používáme, pod jakou licencí, jak často se to mění a hlavně co z těch dat vyčíst nejde.

Závazný je vždy původní zdroj. Když se číslo na portálu liší od čísla u zdroje, platí zdroj — a budeme rádi, když nám o tom dáte vědět.

Katalog zdrojů

Infekční nemoci v ČR (ISIN)

ÚZIS ČR

Pokrytí
2018–2025
Podrobnost
měsíc × kraj × diagnóza MKN-10 × věk × pohlaví
Aktualizace
ročně (soubor z ledna 2026 končí prosincem 2025)
Formát
CSV + CSVW metadata
Licence
volný přístup (otevřená data ÚZIS)

Co z dat nejde vyčíst. Neobsahuje COVID-19, tuberkulózu, syfilis, kapavku ani HIV — mají vlastní registry. Od července 2025 přichází část případů novým kanálem hlášení (EWS), řady proto nejsou přes tento zlom přímo srovnatelné.

COVID-19 v ČR — otevřené datové sady

MZČR / ÚZIS ČR

Pokrytí
od března 2020
Podrobnost
den; podle sady věk, kraj, stav očkování
Aktualizace
denně
Formát
CSV, API
Licence
otevřená data MZČR

Co z dat nejde vyčíst. Testovací strategie se v čase měnila, takže počty případů z různých období nejsou srovnatelné. Část sad je archivní. Od poloviny srpna 2026 se hlásí jen desítky PCR testů týdně; většina pozitivních případů pochází z antigenních testů.

Virologická surveillance chřipky a respiračních virů

SZÚ — Národní referenční laboratoř pro chřipku

Pokrytí
sezóny 2012/13–dosud; týdně od 2024/25
Podrobnost
týden × virus; týden × kraj
Aktualizace
týdně, celoročně
Formát
PDF (týdenní zprávy, sezónní archivy)
Licence
neuvedena — zveřejněné zprávy SZÚ, uvádíme zdroj

Co z dat nejde vyčíst. Data čteme z PDF, strojově čitelný export neexistuje. Počty záchytů rostou s objemem testování — mezi sezónami nejsou přímo srovnatelné. Sezóny 2022/23–2023/24 už zdroj online nemá, vezeme je v repozitáři.

WHO FluID a FluNet — hlášení ČR

WHO

Pokrytí
ILI/ARI od 2009/10; laboratorní záchyty od 1997
Podrobnost
týden; u ILI/ARI i věková skupina
Aktualizace
týdně; mimo sezónu se zpožděním
Formát
CSV (xMart API)
Licence
neuvedena u datové sady — podmínky WHO, uvádíme zdroj

Co z dat nejde vyčíst. ILI a ARI jsou klinické diagnózy od části ordinací, ne laboratorně potvrzená chřipka. Pokrytá populace se mění (v sezóně 2025/26 skokově). Přes léto se nehlásí. Počet laboratorně vyšetřených vzorků je srovnatelný až od sezóny 2021/22.

ERVISS — evropská respirační surveillance

ECDC / WHO Europe

Pokrytí
ČR od týdne 25/2022
Podrobnost
týden × ukazatel × věková skupina
Aktualizace
týdně
Formát
CSV (GitHub)
Licence
neuvedena v repozitáři — podmínky ECDC, uvádíme zdroj

Co z dat nejde vyčíst. Tatáž česká hlášení jako WHO FluID, jen čerstvější. Mezinárodní srovnání ztěžují rozdílné definice a zpoždění hlášení. Počet vzorků vyšetřených na SARS-CoV-2 od týdne 34/2026 znamená něco jiného a na dřívější řadu nenavazuje.

RespiCast — předpovědi ILI a ARI

ECDC, ISI Foundation, LSHTM

Pokrytí
od října 2024
Podrobnost
týdenní kolo × cílový týden × 23 kvantilů
Aktualizace
týdně
Formát
CSV (GitHub)
Licence
neuvedena — před veřejným použitím ověřit u provozovatele hubu

Co z dat nejde vyčíst. Předpověď, ne měření. Pro ČR je o ~15 % lepší než nejjednodušší referenční model, ale intervaly má užší, než slibuje (95% pás zachytil 85 % případů), a nástup vlny nevidí.

Počet obyvatel podle krajů

ČSÚ

Pokrytí
2000–2025
Podrobnost
rok × kraj × pohlaví
Aktualizace
ročně
Formát
CSV (DataStat API, sada PORKR01)
Licence
otevřená data ČSÚ

Co z dat nejde vyčíst. Stav k 31. 12., ne střední stav; rozdíl je v desetinách procenta. Věková struktura zatím chybí, incidence proto nejsou věkově standardizované.

ECDC — COVID-19, historická řada pro ČR

ECDC

Pokrytí
2020 – říjen 2022
Podrobnost
den
Aktualizace
zdroj přestal publikovat
Formát
CSV
Licence
ECDC — volné použití s uvedením zdroje

Co z dat nejde vyčíst. Uzavřená řada, držíme ji jen kvůli historii.

Externí dashboardy (Nextstrain, odpadní vody SZÚ)

Nextstrain · SZÚ

Pokrytí
—
Podrobnost
—
Aktualizace
podle provozovatele
Formát
odkaz
Licence
podle provozovatele — data nepřebíráme, jen odkazujeme

Co z dat nejde vyčíst. Běží na cizím serveru a portál nad nimi nemá kontrolu. Fylogenetické stromy nejsou specifické pro ČR. Odpadní vody SZÚ nemají strojově čitelný export.

Licence

Strojově čitelná data

Každý graf se kreslí ze statického souboru JSON, který si můžete stáhnout. Adresy jsou stabilní; obsah se přepisuje s každým během datové pipeline a datum posledního běhu je u dashboardu v řádku „Aktualizace".

SouborVelikost
anomaly_signals.json23 kB
covid_by_age.json1 kB
covid_by_vaccination.json1 kB
covid_cases_weekly.json9 kB
covid_cfr_by_age.json1 kB
covid_hosp_rate_by_vax.json1 kB
covid_hospitalization.json11 kB
covid_incidence.json8 kB
covid_summary.json1 kB
covid_testing.json17 kB
ebola_daily_en.json2 kB
ebola_daily.json2 kB
ebola_deaths_cumulative_en.json2 kB
ebola_deaths_cumulative.json2 kB
ebola_summary.json0 kB
ebola_timeseries_en.json2 kB
ebola_timeseries.json2 kB
ebola_trajectories_en.json2 kB
ebola_trajectories.json2 kB
flu_mem.json235 kB
flu_positivity_seasons.json5 kB
flu_positivity_weekly.json8 kB
flu_regional_overview.json1 kB
flu_regional_weekly.json3 kB
flu_respiratory_all.json3 kB
flu_season_overview.json1 kB
flu_weekly.json3 kB
isin_age_groups.json2 kB
isin_group_gastrointestinal.json3 kB
isin_group_hepatitis.json3 kB
isin_group_childhood_airborne.json3 kB
isin_group_other.json2 kB
isin_group_rare_severe.json3 kB
isin_group_skin_contact.json2 kB
isin_group_sti.json2 kB
isin_group_vector_animal.json2 kB
isin_monthly_trend.json5 kB
isin_regional_incidence.json2 kB
isin_regional_map.json2 kB
isin_top_diseases.json4 kB
sti_registry_age.json1 kB
sti_registry_incidence.json1 kB
sti_registry_map.json1 kB
sti_registry_sex.json1 kB
sti_registry_trend.json1 kB
tbc_age.json1 kB
tbc_incidence.json1 kB
tbc_map.json1 kB
tbc_origin.json1 kB

Soubory jsou zpracovaná data pro grafy, ne surová data — agregace, přepočty na obyvatele a výběr řad už v nich jsou. Pro vlastní analýzu sáhněte po původním zdroji.

Strojově je k dispozici i tenhle katalog: sources.json nese u každého zdroje vydavatele, licenci, pokrytí, podrobnost, frekvenci aktualizace a hlavně pole limits — větu o tom, co z dat vyčíst nejde. Jednotlivé dashboardy navíc nesou schema.org/Dataset v JSON-LD přímo v hlavičce stránky, takže vyhledávače a další nástroje poznají, nad jakou datovou sadou stránka stojí, bez čtení textu.

Katalog podle DCAT-AP-CZ

Data, která vznikla zpracováním na portálu, popisuje i katalog podle otevřené formální normy Rozhraní katalogů otevřených dat: /dcat/katalog.jsonld. Odkazuje na čtyři datové sady — prahy intenzity chřipkové sezóny, signály detekce anomálií, týdenní záchyty respiračních virů a odvozené incidence infekčních nemocí.

Přebíraná data v tomto katalogu nejsou. Publikovali je jejich původci (ÚZIS, SZÚ, MZČR, ČSÚ, WHO, ECDC) a najdete je v Národním katalogu otevřených dat; portál na ně odkazuje v přehledu výš.

Nahlásit chybu

Našli jste číslo, které nesedí se zdrojem, rozbitý graf nebo nejasnou formulaci? Napište na hpaces@img.cas.cz, nebo založte issue: k webu v repozitáři pathogensportal, k datům a výpočtům v pathogensportal-db.

Co portál nedělá

Zpracování osobních údajů

Co sbíráme

Provozní záznam webového serveru — IP adresa, čas, adresa stránky, typ prohlížeče a odkud jste přišli. Maže se po 14 dnech.

Počty návštěv podle organizace — IP adresa se přeloží na organizaci (například „Univerzita Karlova“) a zahodí. Uchovávají se jen počty. Nejsou to osobní údaje.

Které stránky se čtou — vlastní statistika běžící na našem serveru, bez cookies a bez identifikátoru zařízení. Data neodcházejí třetím stranám.

Do vašeho zařízení se ukládá jediná položka, a jen proto, aby se tohle upozornění nezobrazovalo při každé návštěvě. Není to identifikátor a nikam neodchází.

Vaše práva

Máte právo na přístup ke svým údajům, na jejich opravu nebo výmaz, na omezení zpracování, právo vznést námitku a podat stížnost u Úřadu pro ochranu osobních údajů.

⚠️ Prakticky: v provozním záznamu vás nedokážeme dohledat, pokud nesdělíte IP adresu a přibližný čas návštěvy — nic jiného, podle čeho hledat, neuchováváme.

Správcem je Ústav molekulární genetiky AV ČR. Kontakt: hpaces@img.cas.cz