Data a citace
Portál sám žádná primární data nesbírá. Přebírá otevřená data veřejných institucí,
zpracovává je a vykresluje — a u každého grafu říká, odkud čísla jsou. Tahle stránka to
shrnuje na jednom místě: co používáme, pod jakou licencí, jak často se to mění a hlavně
co z těch dat vyčíst nejde.
Závazný je vždy původní zdroj. Když se číslo na portálu liší od čísla u zdroje, platí zdroj —
a budeme rádi, když nám o tom dáte vědět.
Katalog zdrojů
Infekční nemoci v ČR (ISIN)
ÚZIS ČR
- Pokrytí
- 2018–2025
- Podrobnost
- měsíc × kraj × diagnóza MKN-10 × věk × pohlaví
- Aktualizace
- ročně (soubor z ledna 2026 končí prosincem 2025)
- Formát
- CSV + CSVW metadata
- Licence
- volný přístup (otevřená data ÚZIS)
Co z dat nejde vyčíst. Neobsahuje COVID-19, tuberkulózu, syfilis, kapavku ani HIV — mají vlastní registry. Od července 2025 přichází část případů novým kanálem hlášení (EWS), řady proto nejsou přes tento zlom přímo srovnatelné.
Původní zdroj
· datový soubor
· Infekční nemoci — přehled · Signály — detekce anomálií · Infekční nemoci — Časté dětské/vzdušné · Infekční nemoci — Střevní/potravinové · Infekční nemoci — Hepatitidy · Infekční nemoci — Vzácné závažné · Infekční nemoci — Kožní/kontaktní · Infekční nemoci — Klíšťaty/zvířaty přenášené · Infekční nemoci — Ostatní
Registr pohlavních nemocí
ÚZIS ČR
- Pokrytí
- 1994–2025
- Podrobnost
- rok × okres bydliště × diagnóza × věk × pohlaví
- Aktualizace
- ročně
- Formát
- CSV + CSVW metadata
- Licence
- volný přístup (otevřená data ÚZIS)
Co z dat nejde vyčíst. Jen syfilis, kapavka a venerický lymfogranulom. Hlášené případy rostou i s intenzitou testování; HIV v otevřených datech není.
Původní zdroj
· datový soubor
· Infekční nemoci — Pohlavně přenosné
Registr tuberkulózy
ÚZIS ČR
- Pokrytí
- 2000–2024
- Podrobnost
- rok a čtvrtletí × kraj × věk × rodná země
- Aktualizace
- ročně, s ročním zpožděním
- Formát
- CSV + CSVW metadata
- Licence
- volný přístup (otevřená data ÚZIS)
Co z dat nejde vyčíst. Kolem 430 případů ročně na celou republiku — rozdíly mezi kraji a roky jsou z velké části náhoda. Rodná země není občanství ani místo nákazy.
Původní zdroj
· datový soubor
· Infekční nemoci — Tuberkulóza
COVID-19 v ČR — otevřené datové sady
MZČR / ÚZIS ČR
- Pokrytí
- od března 2020
- Podrobnost
- den; podle sady věk, kraj, stav očkování
- Aktualizace
- denně
- Formát
- CSV, API
- Licence
- otevřená data MZČR
Co z dat nejde vyčíst. Testovací strategie se v čase měnila, takže počty případů z různých období nejsou srovnatelné. Část sad je archivní. Od poloviny srpna 2026 se hlásí jen desítky PCR testů týdně; většina pozitivních případů pochází z antigenních testů.
Původní zdroj
· COVID-19 Surveillance · COVID-19 — Věk a vakcinace
Virologická surveillance chřipky a respiračních virů
SZÚ — Národní referenční laboratoř pro chřipku
- Pokrytí
- sezóny 2012/13–dosud; týdně od 2024/25
- Podrobnost
- týden × virus; týden × kraj
- Aktualizace
- týdně, celoročně
- Formát
- PDF (týdenní zprávy, sezónní archivy)
- Licence
- neuvedena — zveřejněné zprávy SZÚ, uvádíme zdroj
Co z dat nejde vyčíst. Data čteme z PDF, strojově čitelný export neexistuje. Počty záchytů rostou s objemem testování — mezi sezónami nejsou přímo srovnatelné. Sezóny 2022/23–2023/24 už zdroj online nemá, vezeme je v repozitáři.
Původní zdroj
· Chřipka a respirační viry · Chřipka — regionální surveillance
WHO FluID a FluNet — hlášení ČR
WHO
- Pokrytí
- ILI/ARI od 2009/10; laboratorní záchyty od 1997
- Podrobnost
- týden; u ILI/ARI i věková skupina
- Aktualizace
- týdně; mimo sezónu se zpožděním
- Formát
- CSV (xMart API)
- Licence
- neuvedena u datové sady — podmínky WHO, uvádíme zdroj
Co z dat nejde vyčíst. ILI a ARI jsou klinické diagnózy od části ordinací, ne laboratorně potvrzená chřipka. Pokrytá populace se mění (v sezóně 2025/26 skokově). Přes léto se nehlásí. Počet laboratorně vyšetřených vzorků je srovnatelný až od sezóny 2021/22.
Původní zdroj
· Chřipka — intenzita sezóny · Chřipka a respirační viry
ERVISS — evropská respirační surveillance
ECDC / WHO Europe
- Pokrytí
- ČR od týdne 25/2022
- Podrobnost
- týden × ukazatel × věková skupina
- Aktualizace
- týdně
- Formát
- CSV (GitHub)
- Licence
- neuvedena v repozitáři — podmínky ECDC, uvádíme zdroj
Co z dat nejde vyčíst. Tatáž česká hlášení jako WHO FluID, jen čerstvější. Mezinárodní srovnání ztěžují rozdílné definice a zpoždění hlášení. Počet vzorků vyšetřených na SARS-CoV-2 od týdne 34/2026 znamená něco jiného a na dřívější řadu nenavazuje.
Původní zdroj
· datový soubor
· Chřipka — intenzita sezóny · Chřipka a respirační viry · COVID-19 Surveillance
RespiCast — předpovědi ILI a ARI
ECDC, ISI Foundation, LSHTM
- Pokrytí
- od října 2024
- Podrobnost
- týdenní kolo × cílový týden × 23 kvantilů
- Aktualizace
- týdně
- Formát
- CSV (GitHub)
- Licence
- neuvedena — před veřejným použitím ověřit u provozovatele hubu
Co z dat nejde vyčíst. Předpověď, ne měření. Pro ČR je o ~15 % lepší než nejjednodušší referenční model, ale intervaly má užší, než slibuje (95% pás zachytil 85 % případů), a nástup vlny nevidí.
Původní zdroj
· datový soubor
· Chřipka — intenzita sezóny
Počet obyvatel podle krajů
ČSÚ
- Pokrytí
- 2000–2025
- Podrobnost
- rok × kraj × pohlaví
- Aktualizace
- ročně
- Formát
- CSV (DataStat API, sada PORKR01)
- Licence
- otevřená data ČSÚ
Co z dat nejde vyčíst. Stav k 31. 12., ne střední stav; rozdíl je v desetinách procenta. Věková struktura zatím chybí, incidence proto nejsou věkově standardizované.
Původní zdroj
· Infekční nemoci — přehled
ECDC — COVID-19, historická řada pro ČR
ECDC
- Pokrytí
- 2020 – říjen 2022
- Podrobnost
- den
- Aktualizace
- zdroj přestal publikovat
- Formát
- CSV
- Licence
- ECDC — volné použití s uvedením zdroje
Co z dat nejde vyčíst. Uzavřená řada, držíme ji jen kvůli historii.
Původní zdroj
· COVID-19 Surveillance
Externí dashboardy (Nextstrain, odpadní vody SZÚ)
Nextstrain · SZÚ
- Pokrytí
- —
- Podrobnost
- —
- Aktualizace
- podle provozovatele
- Formát
- odkaz
- Licence
- podle provozovatele — data nepřebíráme, jen odkazujeme
Co z dat nejde vyčíst. Běží na cizím serveru a portál nad nimi nemá kontrolu. Fylogenetické stromy nejsou specifické pro ČR. Odpadní vody SZÚ nemají strojově čitelný export.
Původní zdroj
· Fylogeneze SARS-CoV-2 (Nextstrain) · Fylogeneze chřipky (Nextstrain) · Monitoring odpadních vod
Licence
- Texty, grafy a zpracování na portálu: CC BY 4.0 —
můžete je šířit a upravovat, když uvedete zdroj.
- Převzatá data: platí licence původního zdroje, uvedená v katalogu. Kde ji zdroj
neuvádí, píšeme to tak — než taková data použijete dál, ověřte si podmínky u něj.
- Kód: oba repozitáře jsou veřejné na GitHubu.
Strojově čitelná data
Každý graf se kreslí ze statického souboru JSON, který si můžete stáhnout. Adresy jsou
stabilní; obsah se přepisuje s každým během datové pipeline a datum posledního běhu
je u dashboardu v řádku „Aktualizace".
Soubory jsou zpracovaná data pro grafy, ne surová data — agregace, přepočty na obyvatele
a výběr řad už v nich jsou. Pro vlastní analýzu sáhněte po původním zdroji.
Strojově je k dispozici i tenhle katalog: sources.json nese u každého
zdroje vydavatele, licenci, pokrytí, podrobnost, frekvenci aktualizace a hlavně pole limits
— větu o tom, co z dat vyčíst nejde. Jednotlivé dashboardy navíc nesou
schema.org/Dataset v JSON-LD přímo v hlavičce stránky, takže
vyhledávače a další nástroje poznají, nad jakou datovou sadou stránka stojí, bez čtení textu.
Katalog podle DCAT-AP-CZ
Data, která vznikla zpracováním na portálu, popisuje i katalog podle otevřené formální normy
Rozhraní katalogů otevřených dat:
/dcat/katalog.jsonld. Odkazuje na čtyři datové sady — prahy intenzity
chřipkové sezóny, signály detekce anomálií, týdenní záchyty respiračních virů a odvozené incidence
infekčních nemocí.
Přebíraná data v tomto katalogu nejsou. Publikovali je jejich původci (ÚZIS, SZÚ, MZČR, ČSÚ,
WHO, ECDC) a najdete je v Národním katalogu otevřených dat; portál na ně
odkazuje v přehledu výš.
Nahlásit chybu
Našli jste číslo, které nesedí se zdrojem, rozbitý graf nebo nejasnou formulaci?
Napište na hpaces@img.cas.cz, nebo založte issue:
k webu v repozitáři pathogensportal,
k datům a výpočtům v pathogensportal-db.
Co portál nedělá
- Nepřijímá a nezpřístupňuje citlivá data. Všechno, co tu je, jsou veřejné agregované
údaje bez osobních informací. Řízený přístup k neveřejným datům portál zatím nenabízí.
- Není úřední zdroj. Pro rozhodování v ochraně veřejného zdraví jsou závazná data
a stanoviska příslušných institucí (MZČR, SZÚ, ÚZIS, KHS).